La température est considérée comme un facteur primaire qui influe sur l'espèce de Fusarium dominante. En juillet, les températures dans l'Ouest des Prairies sont plus fraîches que celles dans l'Est. Les espèces F. avenaceum et F. culmorum semblent se développer mieux dans des conditions plus fraîches que l'espèce F. graminearum. Cependant, le F. graminearum est le pathogène dominant de Fusarium dans les provinces Maritimes, où les températures d'été sont plus fraîches que celles dans les Prairies. La température pourrait jouer un rôle en modérant la fusariose dans l'Ouest des Prairies, bien que les heures prolongées de clarté durant l'été dans les régions plus au Nord pourraient compenser en quelque sorte pour la température quotidienne moyenne plus basse. On ignore toutefois l'impact du réchauffement de la planète sur les températures et les précipitations dans les Prairies.